Jan 20, 2019

Can We Control Our Genes?


     Have you ever thought about how we have many kinds of different cell types while we have just one genome? If all our cells have the same DNA sequence, how come we have blood cells, neural cells, skin cells and so on? Can we change our destiny on behalf of the diseases even if just a drop? If we are a person who smokes cigarettes, using drugs, drinking too much alcohol; could these awful habits affect even our grandchild? In fact, even your financial situation can modify your genes. The phenomenon that is responsible for all these astonishing facts is called epigenetics that means “on top of genetics”. Basically, it is the study of mitotically and/or meiotically heritable changes in gene function that cannot be explained by changes in DNA sequence.
     
     In the early years of (epi)genetics, the main questions were: What molecules within the chromosomes carried the genetic information, how did they manage the developmental program, and how was the information transmitted during cell division? It was understood that both nucleic acid and proteins were present in chromosomes, but their relative contributions were not obvious. After the discovery of central dogma modern biology emerged. This dogma covers the processes involved in maintaining and translating the genetic template required for life and now we know, epigenetics can interfere with the steps of the central dogma.

     If we want to explain the term of epigenetic more detailed, at first, we could say DNA is not “naked” in organisms. Instead, it forms chromatin with some specialized proteins. The primary protein components of chromatin are histones, which bind to DNA and function as "anchors" around which the strands are bound. Chromatin was initially only regarded as a passive packaging molecule to wrap and organize the DNA. After, we realized that chromatin structure is also important for regulation of gene expression. Certainly, after the packaging of DNA to better fit into a confined space, also a problem develops, much as when packs too many books onto library shelves: It becomes harder to find and read the book of choice. Therefore, an indexing system is needed. Which is why, chromatin, as a genome-organizing platform, provides this indexing.

     The DNA sequence of our genome is formed of about 3x109 bases. These bases are A, C, G, and T constitute to well-defined words, namely genes, in the sequence. Among these "well-defined words"; there are some regions that are responsible for suppressing or enhancing the transcription, some starting points (promoters), binding sites of some special proteins, coding or non-coding parts and so on. Before the RNA polymerase which is the main transcription enzyme responsible for the initiation of the gene expression reaches the promoter, this part for the DNA must be accessible. At this point, some different mechanisms come into play such as the binding of a transcription factor, remodeling complex recruitments, special histone modifications, and some histone variants. Via these factors, chromatin can be in two different forms; euchromatin and heterochromatin. While euchromatin is lightly packed and transcriptionally active, heterochromatin can broadly be defined as highly compacted and silenced. Every single cell in our body have their own epigenome and their chromatin structures are also different that is why they have different levels of transcription of genes.

     All the genetic concepts as we mentioned can be affected by our lifestyle. Maybe the best example for seeing this is monozygotic twins who have the same DNA. In their childhoods, they seem similar and even nearly the same. But with the passing of time their appearance change as enough as can distinguish them from each other. One of them could be fit and well while the other one obese and unhealthy because of eating fast foods, smoking and not doing sports. One study via Chromosome Analysis Assay showed us that the 50-year old twins have more epigenetic tags in different places than 3-year-old twins. This sample shows us the importance of habits and environment in our lives.
     If you think your habits could only affect yourself, you are wrong. A study on rats suggested that eating poorly during pregnancy can increase your children's and your grandchildren's risk of cancer. Even if they themselves eat healthily! Researcher Rod Dashwood of Oregon State University said, "People think there is nothing you can do about your disease risk, but you are not just what your genes."

     What about are not there any hope for you too if you are a junkie? Of course, there is. On the contrary of DNA mutations, we know that the epigenetic changes are reversible! So, it means that if you change your habits such as diet, your epigenome can get better. The feature of being reversible mainly depends on reading, erasing or writing of some epigenetic marks. That epigenetic marks may provide “ON” (i.e., active) or “OFF” (inactive) signatures. All these dynamic and complex processes hold on in our cells in all time. For example, while a reader is reading a mark such as methylation, also an eraser would erase the mark of acetylation and these would cause a suppression of the related gene. At this time, writers could bring new methylation markers to the histone tails or DNA. So, you would better believe it you can change your genes destiny! For instance, some studies showed green tea polyphenols can decrease cancer risk via inhibition of DNA methylation.

     Up to now, we have mentioned some of the effects of epigenetics on transcription. But there is something more; non-coding RNAs. These RNAs can effect on translation because they are post-transcriptional modulators. Till about thirty years ago, we had been using the terms of "junk" DNA to the regions that do not code proteins. Miraculously we had realized that these regions are actually really important for our gene expression regulation. Then, the term "non-functional" turned into "non-coding". Amazingly, almost 99% of the human genome is non-coding and these regions include RNAs involved in protein synthesis, post-transcriptional modifications, DNA replication and control of gene expression. One of the examples of these regulatory RNAs is microRNA, a major category among the noncoding RNAs that negatively regulate expression by either degrading the target messages or inhibiting their translation. During aging, predominantly up-regulated miRNA expression is observed, and this causes a decrease of protein levels. In addition to this, genomic hypomethylation is also observed in both aging and cancer. All this would cause something to go wrong.

     To sum up, your genes do not determine everything for you. Hard to believe; but not only your diet, exercise, toxic chemicals that imposed or drugs you use but also social interactions, microbiome, psychological state, weather conditions and so on could change your epigenome! As a result, having "good genes" is not enough for neither ourselves, nor for the healthy development of our children, but we should also "keep healthy" our own DNA for these. When the next time someone says you "Friend, you should not smoke any longer", please think about your future grandchild.

Jul 1, 2018

Yogaya Dair - Yeni Başlayanlar İçin

Herkese merhaba,

Geçen gün yoga yaparken, uzun zaman önce açtığım bloğumu hatırladım. Hepimizin aklının bir köşesinde muhakkak yer edinen ancak genellikle ön yargı ile yaklaştığımız bu gizemli Doğu geleneği son yıllarda nasıl oldu da tüm dünyaya yayıldı? Yoga gerçekten de işe yarıyor mu? Yoganın felsefesini basitçe anlamak mümkün mü? Yogaya başlamadan önce benim de aklıma bu gibi birçok soru takılmıştı. Bu sorulardan bazıları kimi zaman motivasyon kırıcı olabiliyor, evet. Fakat şimdi buradaysanız, bu yazıyı okuyorsanız, ilk adımı çoktan attınız demektir. Belki merak ettiğiniz soruların cevaplarını bulabilirsiniz ve denemeye değer diyerek hemen şimdi başlarsınız, kim bilir. Unutmayın ki, yoga ile tanışmamdan bu yana en çok karşılaştığım cümle şu oldu; "Yoga yapmanın en zor kısmı matı yere sermektir."

"Time dergisinde bildirildiğine göre, on beş milyondan fazla Amerikalı, yoganın herhangi bir türünü kondisyon programına katmış durumda." Evet, bu doğru. Eğer spor yapıyorsanız belki de farkında olmadan bazı yoga hareketlerini çoktan yapıyorsunuz demektir.

Bu yolculuk sırasında okuduğum ve duyduğum bazı şeylerin bana komik geldiğini kabul etmeliyim. Elbet sizin de anlam veremediğiniz ya da katılmadığınız kısımlar olacaktır ancak unutmayın ki yoga eski bir gelenek -5 bin yıldan bahsediyoruz ne de olsa- ve bu gelenek yıllar boyunca gelişerek ve değişerek günümüze ulaşmayı başarabilmiş.

Yoga Nedir?


Çok Eski Bir Sanat ve Bilim Dalı


Yoga, en basit tabiri ile, kökeni Hindistan'a dayanan, ruhu ve bedeni birtakım yöntemlerle eğiterek bu yolla bedene ve ruhsal yaşama egemen olmayı amaçlayan, fizyolojik gerçekliğe sıkıca bağlı kadim bir sanat, bilim dalı ve felsefe sistemidir.

Beden Zihin ve Ruhun Birleşmesi


Yoga kelime anlamı ile "bağlamak, birleştirmek" demektir. Yoga yaparken ruhu, bedeni ve zihni uyum içinde birbiriyle kaynaşmış tek bir birim haline getiririz. Yoga duruşları ve nefes alma çalışmaları sayesinde bedeniniz ve zihninizle yeniden bağ kurabilir ve ruhunuzu keşfe çıkabilirsiniz. Yoga benliğin bütün parçalarına kulak verme sanatıdır.

"Zihnimizden her gün 45 bin ila 75 bin arasında düşünce geçer. Bu düşüncelerin ise hemen hemen 50 bini bir önceki gün aklımızdan geçenlerin aynısıdır. Yeni düşüncelerin oluşabilmesi için eski düşüncelerimizden arınıp yer açmazsak, karşılaştığımız olayları zihnimizde işlemden geçirmek, onlardan ders almak ve ilerleme kaydetmek zorlaşır." Bu cümleyi ilk okuduğumda şaşırmıştım. Ne yani bugün, dün düşündüklerimin 50 bin tanesini tekrar mı düşündüm? Sonra fark ettim ki her gün aynı şeylerden kaygı duyuyorum, her gün aynı şeylerden şikayet ediyorum, her gün aynı korkularla yaşıyorum. Ve evet, bunu fark edip önlem almazsak bütün o önemsiz günlük sıkıntılar, duygusal iniş çıkışlar ve sorumluluklar hepimizin tahmin edeceği üzere sonunda bizi daha önemli şeylerden alıkoyacak ve belki de hasta edecek. Yaşamımızı en çok neyin desteklediğini ve bizim için asıl önemli olanın ne olduğunu yoga ile anlayabiliriz. En azından denemeye değer...

Bir Dil


Yoga öğrenmek bedeninize ve zihninize yeni bir dil öğretmek gibidir. Yeni bir dili bir gecede öğrenemeyeceğinizi bilirsiniz. Yoga da alıştırma gerektiren, incelik kazandırılması ve deneyime dönüştürülmesi gereken bir disiplindir. Bu esnada ısrarlı bir tutum ve sabır geliştirdiğinizi fark edeceksiniz.

Şu cümleyi bilirsiniz; "Practice makes perfect". Sosyal medyada #transformation etiketi altında önceki halini ve şimdiki halini paylaşmış insanlar görmüşsünüzdür. İşte yogada da durum aynen böyledir. Bugün paschimottanasana (seated forward bend dediğimiz, otururken ileri uzanıp kapanma hareketi) sırasında kafanızı bacaklarınıza değdirememeniz bunu asla yapamayacağınız anlamına gelmez. Sadece kendinize zaman tanımanız gerekir. Tüm bunları yaparken her gün bir adım daha ileri giderek esnekliğinizi artırmayı denemelisiniz. Çünkü biliyorum ki vücudunuzu zorladığınız takdirde ertesi gün çekeceğiniz ağrı sizi matı yere sermekten rahatlıkla alıkoyacaktır. Hareketleri gücünüze ve esneklik kabiliyetinize göre modifiye etmeyi denemekten kaçınmayın.


Güçlü ve Bütünsel Bir Dönüşüm Aracı

Yoga duruşları, nefesin farkında olma durumu ve gevşeme teknikleri, doğal sezgisel zekanızla anlayışınızı geliştirir ve hareketli bir maymun gibi daldan dala atlayan zihninizin tek bir nokta üzerinde yoğunlaşmasına yardımcı olur. Zihin odaklandığında, sinir, dolaşım ve solunum sistemleri yavaşlar. Beden ve zihin gevşemeye başlar. Sakinleşir, daha net düşünebilir ve kendinizi bütünüyle merkezde ve sağlam bir temel üzerinde hissedersiniz.

Bir temel üzerinde hissetmenin yalnızca soyut anlamda olmadığını düşünüyorum. Yoga hareketleri ile tanıştığınızda mat ile bağlantınızı koparmamanın ne kadar önemli olduğunu anlayacaksınız. Bir süre sonra sandalyeye otururken, yolda yürürken, yatarken ya da yemek yaparken bile beden farkındalığınızın arttığını göreceksiniz.

Zaman geçtikçe zihin ve akıl tüm bedene yayılabilir; böylece aynı anda birkaç noktaya birden odaklanmaları mümkün olur. İşte buna da meditasyon diyoruz.

"Asana adıyla bilinen yoga duruşları, bedenle ilgili bütün sistemleri çok güçlü bir şekilde etkiler. Asanaların her biri, yaşamın gücünü, diğer bir deyişle prana adı verilen evrensel enerjiyi içeren nefesle ilişkilidir. Alınan her nefes, bedenin bütün hücrelerine prana ve oksijen taşır; verilen her nefesle birlikte toksin ve atıklar beden dışına atılır." Tamam bu kısım biraz ilginç, haklısınız. Materyalist bir insan olarak bunları söylemem belki garip kaçabilir ancak inandığınız şeyler ne olursa olsun tüm bunların bir anlamı var. Diyelim ki prananın varlığı hakkında şüphemiz var, hiç önemli değil çünkü hepsinin arkasında fizyolojik bir süreç yattığı konusunda hemfikiriz. Yani "Ne saçmalık..." diyerek sayfayı kapatmadan önce bir şans daha verin derim.

Bir Tedavi Aracı


Yoga aynı zamanda bir sağaltım aracıdır. İlk duyduğumda benim de çıkaramadığım sağaltım kelimesi, hastalığı yenecek etkenleri ve bu etkenlerin kullanılma yöntemlerini bularak hastanın sıkıntılarını giderme anlamına gelir. Yani yoga birçok rahatsızlığın, belli duruşlar, nefes egzersizleri ve nitelikli bir yoga öğretmeni aracılığıyla üstesinden gelinebileceğini müjdeler bize. İnsanlar genellikle çektikleri sırt, baş ve eklem ağrılarının düzenli egzersiz sonucu ortadan kalkmasını şaşkınlıkla karşılarlar.

Herkesin Yapabileceği Bir Şey


Yaşı, kilosu, bedensel esneklik ve sağlık durumu ne olursa olsun herkes yoga yapabilir. Daha önce de söylediğim gibi yogaya karşı hepimizin bir fikri ama her şeyden önce ön yargısı vardır. Bunun sebebi bana kalırsa sosyal medyanın yaygınlaşması ile ortaya çıkan popüler kültür dayatmalarıdır. Yoganın sanki esnek bir kuklaymış gibi ayağımızı kafamıza koymamızdan ibaret olduğunu düşünürüz. Ama elbette durum bu değil. Herkese uygun bir yoga türü mutlaka vardır ve hareketler her zaman kişinin gereksinimleriyle uyumlu hale getirilebilir.

Eğlenceli Bir Şey


Yoga nedir sorusuna dair söyleyebileceğim son şey sanırım bu olmalı. Evet, yoga eğlencelidir. Çok zor bir iş gibi görünse de yoga yapmak, bedeninize yeni hareketler öğretmek, tepetaklak durmak kendinizi yeniden çocuk gibi eğlenirken bulmanızı sağlayabilir.

Yoganın ne olduğunu -ve ne olmadığını- öğrendiğimize göre bizim için önemli bir diğer soruya yanıt arayabiliriz; Yoga bana ne yarar sağlar ki?

Yoga Bana Nasıl Yarar Sağlayabilir?


Bu kısımda çabucak sadede gelmemi isteyeceğinizi hissediyorum. Haklısınız. Aslında yazacağım her maddenin bir açıklaması, bir dayanağı var. Ama özetlememiz gerekirse yoga sizlere;
  • Yenilenen enerji,
  • Zarif bir yaşlanma,
  • Formda kalmak için güzel bir yol,
  • Daha iyi bir dolaşım sistemi,
  • Kronik rahatsızlıklardan ve stresten kurtulmak için bir fırsat,
  • Gevşeme imkanı,
  • İçsel doyum,
  • Beden imgesi,
  • Özsaygı,
  • Daha iyi bir duruş,
  • Kemik yoğunluğunuzda artış,
  • Duygusal denge,
  • Uyku kalitenizde iyileşme ve
  • Daha iyi bir cinsel yaşam sağlar.
Tüm bunlar prananın içinize girmesi ile olmuyor elbette. Hala ikna olmadıysanız dünyanın en yaşlı yoga eğitmeni unvanına sahip Tao Porchon-Lynch’e bir bakın derim. Kendisi 99 yaşında ve 75 yıldır yoga yapıyor. Bence çok da mutlu görünüyor...

Peki nereden çıktı bu yoga diye soracak olursanız yazımın başında da belirttiğim gibi beş bin yıllık bir geçmişi olduğu biliniyor. Merak edenler için yeni başlığımızda kısaca bundan bahsedelim.


Yoganın Tarihçesi

Yoganın bundan beş bin yıl önce öğretmenden öğrenciye aktarılan sözlü bir gelenek olarak doğduğu düşünülmektedir. 1920'lerde arkeologların, günümüzde Hindistan'ın bulunduğu yerdeki eski ve büyük bir uygarlık olan Indus uygarlığını keşfetmeleri, yoganın başlangıç dönemlerini tarihlendirmede yardımcı olmuştur. Elde edilen bazı kalıntılarda, sabun taşından yapılma mühürlerin üzerine kazınmış yoga figürleri bulunmaktaydı.


Günümüzde yoganın çok uzun yıllar önce, bilinen en eski Hint-Avrupa metni olan Rig-Veda'da ölümsüzleştirilen ünlü Sarasvati Nehri dünyadaki tektonik değişiklikler nedeniyle kuruyana dek serpilip büyümüş, olgun bir uygarlık sırasında geliştiğine inanılmaktadır. Bu ünlü metin, kutsal metinlerinin çoğunun dili olan Sanskritçe ile yazılmıştır. Alfabesi bizim dilimizden farklı olsa da fonetik bir dil olan Sanskritçe tüm yoga terimlerinin kökenidir.

Örneğin; hepimizin sıkça duyduğu bir Sanskritçe kelime olan Namaste bir selam verme şeklidir. “Benim içimdeki öz, senin içindeki özü onurlandırır” olarak tercüme edilebilir.

Namaste

Yoganın Dört Dönemi

Yoganın tarihi birbirini izleyen dört dönem altında gruplandırılabilir;
  • Vedik Yoga
  • Klasik Dönem Öncesi Yoga
  • Klasik Yoga
  • Klasik Dönem Sonrası Yoga
Sıkıcı bir yazı olmaması için tarihçe kısmını kısa tutmak istedim. Çok daha detaylı bilgiyi internette veya kitaplarda bulabilirsiniz elbette. Doğruyu söylemek gerekirse ben okurken yorulduğum için burada da kimseyi yormak istemedim...

Gelelim bu yazımda değinmek istediğim son kısma: Yoga Felsefesi. Başlarken de sormuştuk; Yoganın felsefesini anlayabilir miyiz? Bob Marley Faruk'un da dediği gibi; "Neymiş bu işin felsefesi?" Get up, stand up, don't give up the fight! Bu kadar basit değil tabii ama alakası da yok değil. Gora'ya bir atıf yapmak istedim. Hep yapmak istemişimdir bee...

Şimdi belki bunu bilmesek olmuyor mu diye düşünebilirsiniz ancak ben önemli bir detay olduğuna inanıyorum. Herhangi bir konuda ne zaman bir şeyler yapmak istesem önce o konunun temellerini araştırdım, mantığını kavramaya çalıştım, neden ve nasıl diye sordum kendime. Bu her zaman mantıksal bir çerçevede büyük resmi görmenizi sağlar. Örneğin ders çalışırken bunu yaptığımda bir şeyleri ezbere yapmaktan ziyade öğrenerek yapmanın ne kadar kolay ve doğru olduğunu fark ettim. Evet bazen ertesi günkü sınavda işime yaramayacak şeyleri merak edip saatlerce kitap karıştırdığım ve ders notunda hiç ilerleyemediğim oldu AMA asla pişman olmadım. O yüzden kaçış yok:

Yoga Felsefesi



Yoga felsefesi, son beş bin yıl içinde ve sayısız kuşak boyunca öğretmenden öğrenciye aktarılan, yaşayan ve nefes alan bir organizmaya benzer. Bilge Patanjali, temel ilke ve öğretilerini toplayıp sistemleştirdiği yoga felsefesini Yoga Sutra adı verilen metni oluşturacak şekilde bir araya getirmiştir.

Yoganın Altı Dalı


Her yoga dalı, bireyin kişiliğine ve öğrenme stiline göre kendi yolunu seçebileceği belirgin yaklaşımları içerir. Seçilen yolların her biri, dönüşüm niteliğine sahip gelişime uzanır. Kişi bir ya da daha fazla yol seçebilir. Yollar birbirini dışlamaz.
  • Raja Yoga
  • Karma Yoga
  • Bhakti Yoga
  • Jnana Yoga
  • Hatha Yoga
  • Tantra Yoga
Tüm bu dalları tek tek açıklamak yerine bizim için daha önemli olduğunu düşündüğüm Hatha Yoga hakkında şunu söyleyebilirim; bedensel yoga yoludur. Fiziksel duruşlar, nefes alma teknikleri, derin gevşeme ve meditasyona dayanır. Bazı kaynaklarda Raja Yoga'nın bir kolu olarak da geçer.


Yoga Durumuna Nasıl Ulaşılır?


Yoga Sutra'da, yoga durumuna başarıyla ulaşmak için üç ana yoldan söz edilir:
  • Tapas (Isıtmak, temizlemek, beden duruşları, kendini tanıma, tam olma, kişisel bütünlük arzusu...)
  • Svadhyaya (Kendini inceleme, düşünce, davranış ve tepki gözlemi...)
  • Ishvara pranidhara (Tanrı aşkı, teslim olma, içten bağlılık...)
Bu yaklaşımların üçü birlikte Kriya Yoga olarak bilinen dikkatli eylem yogasını oluştururlar. Ancak her üç katmanın da ortaya çıkması için sadhana yani uygulama gereklidir.

Yoganın Sekiz Kolu


Sürekli kollar, yollar, alt dallar diye bir şeyleri böldük farkındayım. Ama az kaldı, önemli bir bölüme geçiyoruz. Buraya kadar geldiysek çoğu gitti azı kaldı demektir.

Patanjali yoga egzersizlerinin, birlikte ele alındıklarında tek bir yoga oluşturan farklı yönlerini tanımlamak için kol sözcüğünü kullanır. Sekiz katlı bu yolun amacı zihni, bedeni ve ruhu birbiriyle uyumlu hale getirmeye yarayan ve kişisel gelişim için kullanılabilecek kullanışlı bir rehber olmaktır. Kolların her biri aynı anda ya da farklı zamanlarda gelişebilir.
  • Yamalar (Kendiniz dışındaki varlıklara ve evrensel yasalara karşı benimsediğiniz tutumlar.)
  • Niyamalar (Kendinizle ve kişisel gözlemlerinizle ilgili tutumunuz.)
  • Asanalar (Bedensel duruşlar.)
  • Pranayama (Nefesin düzenlenmesi ve kontrolü.)
  • Pratyahara (Duyuların geri çekilmesi.)
  • Dharana (Konsantrasyon.)
  • Dhyana (Meditasyon.)
  • Samadhi (Kendini gerçekleştirme ve aydınlanma.)
Bu kollar aşağıdan yukarı doğru tırmanılması gereken bir merdivenin birbirini izleyen basamakları değildir. Bütün kollar aynı varış noktasına, yani samadhi'ye çıkar.

The Eight Limbs


"Patanjali'ye göre, hastalık, zihnin durgunluğu, şüpheler, sağgörü eksikliği, aşırı düşkünlük, kişinin kendi ruhsal durumu konusundaki yanılsama, sebat eksikliği ve gerileme dikkatimizi dağıtarak bizi yogadan uzaklaştıran dokuz belirtidir."

Tüm bu sekiz kolun çok daha önemli detayları ve alt dalları var ve inanın asıl kısım orada başlıyor. Belki bir başka yazıda bu konuya değinebilir ve yoganın hiç beklemediğimiz kadar şaşırtıcı dünyasına daha büyük bir adım atabiliriz. Yukarıda gördüğünüz tüm kollar bedensel ve zihinsel temizlikten tutun da bilinçli beslenmeye kadar detaylı adımlar içeriyor. Her birini incelediğimde Farkındalık dediğimiz bilişsel terapi ile ne kadar çok ortak noktası olduğunu fark ettim. Konudan sapmamak adına burada detayına girmeyeceğim ancak kısa bir araştırma yaparsanız günümüzde bu terapinin psikiyatride çok önemli bir yeri olduğunu görürsünüz. Belki yoga ile farkındalığı sentezleyerek günlük hayatın stresinden kaçmak mümkündür, neden olmasın?

Buraya kadar okuduysanız sabrınız ve kararlılığınız için teşekkür ederim. Ama öncelikle siz kendinize teşekkür edin, çünkü bu yazıyı okumanız bana yalnızca +1 okunma sayısı olarak yansırken size farklı bir pencere aralamış olabilir.

References: Everything Yoga Book (Everything Series) Paperback – May 1, 2002 by Cynthia Worby




Nov 28, 2016

Depresyon DNA’ya Zarar mı Veriyor?

Depresyonun DNA’ya Yaptığı

   Geçtiğimiz yıl uluslararası araştırmacılardan oluşan bir ekibin yaptığı çalışmaya göre depresyondaki kişiler, depresyonda olmayan kişilere göre daha çok mitokondriyal DNA’ya ve daha kısa telomerlere sahip. Araştırmacılara göre hücre için enerji sağlayan bir organel olan mitokondri stres altında işlevini yeterince etkin yapamıyor. Hücre için gerekli enerjiyi sağlamak için daha çok mitokondriye ihtiyaç duyuluyor.




   Telomerler kromozomların uçlarında bulunan DNA dizileridir. Her hücre bölünmesi sırasında telomer bölgesi biraz daha kısaldığı için kısa telomer hücre için kısa ömür anlamına gelir. Araştırmacılar DNA’da meydana gelen bazı değişikliklerin depresyonla ilişkili olabileceğini söylüyor. Farelerle yapılan deneyler bu DNA değişikliklerinin stresten ya da stres hormonlarından kaynaklandığını gösterdi. 
   Dört hafta sonra bilim insanları fareler üzerine uygulanan stresi durdurdu ve mitokondriyal DNA’nın ve telomerlerin normale döndüğünü tespit etti. Bu sonuçlar da moleküler değişimlerin geri dönebilir olduğunu gösteriyordu.
   Araştırmacılar aynı zamanda geçmişte yaşanan stresin depresyondaki kişilerde görülen moleküler değişikliklere benzer değişikliklere neden olup olmadığının öğrenmek için 11 binden fazla kişinin DNA’sını inceledi. Depresyon moleküler değişikliklere neden olurken stresli bir yaşamın bu değişikliklere neden olmadığını gözlemlediler. Örneğin çocukluğunda cinsel istismara uğramış ancak depresyona girmemiş bir kişinin DNA’sı, cinsel istismara uğramamış bir kişinin DNA’sı ile karşılaştırıldığında önemli bir değişiklik olmadığı tespit edilmiş. Bulgulara göre stres DNA’da değişikliklere neden olabiliyor, ancak pek çok kişide bu değişikliklerin geri dönebilir ya da başka bir deyişle iyileşebilir olması söz konusu. Depresyondaki kişilerin DNA’sındaki değişimlerin geri dönebilir olması ise daha zor görünüyor. Araştırmacılar moleküler değişikliklerin depresyon öncesinde, depresyon sırasında ve depresyon sonrasındaki durumunu incelemek için daha çok araştırma yapmak gerektiğini düşünüyor. Bu araştırmaların sonucunun daha yararlı klinik bilgiler sunacağını umuyorlar.


Kaynak: http://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(15)00322-X / TÜBİTAK Bilim ve Teknik Mayıs 2015



Omurgasızlar Biyolojisi (Sınıflandırma ve Akrabalık İlişkileri)

 Omurgasızlar Biyolojisi - Sistematik Prensipler

"Bizim omurgasızlara ihtiyacımız vardır ancak, onların bize ihtiyacı yoktur." E.O. Wilson. 1987. The little things that run the world (the importance and conservation). Conservation Biology 1:344-346

Omurgasız Sınıflandırılması ve Akrabalık İlişkileri

   Günümüzde 1 milyondan fazla hayvan türü tanımlanmış ve isimlendirilmiştir, fakat en azından 4 ila 10 milyon tür büyük bir olasılık ile keşfedilmeyi beklemektedir; bunlarının çoğunun şüphesiz ki keşfedilmeden soyu tükenecektir. Belki de birkaç yüz milyon tür önceden vardı fakat şimdi yok oldular.

   Sınıflandırmanın amacı, bu kadar çok çeşitliliğe sahip canlıları, akrabalık ilişkilerine göre gruplandırmak ve bu sayede düzenli bir sistem içinde canlıların taranmasını ve çalışılmasını kolaylaştırmaktır. Bu amaca hizmet eden bilim dalları sistematik ve taksonomidir. Yazının son kısmında kategori ve takson terimlerine değinilecektir.

   Çok hücreli yaşamın tek hücreli atasal formdan evrimleşmesi çok uzun zaman almış gibi görünmektedir; bilinen en eski tek hücreli ökaryotların fosilleri yaklaşık 1,8 ila 1,9 milyar yıl yaşındadır, fakat bilinen en eski çok hücreli hayvan (Metazoon) fosilleri/fosil izleri, Ediacara denilen fauna üyeleridir ve ilk olarak Güney Avustralya'da keşfedilmişlerdir; 543 ila 635 milyon yıldan yaşlı değillerdir.

   En iyi çalışılan omurgasız fosil örnekleri British Columbia'nın Burgess Şisti katmanındandır, 525 milyon yıl önce Kambriyen'de oluşmuş ve ilk kez 1909'da keşfedilmişlerdir. Bu hayvanların çoğu yumuşak vücutlu, bir kısmı ise sert parçalara sahiptir, fakat en çok göze çarpan özellik büyük orandaki çeşitliliktir. Benzer fauna yakın zamanda Çin'de, yaklaşık 540 milyon yıl önce erken Kambriyen döneminde oluşmuş yaşlı kayaçlar arasında da keşfedilmiştir. Bu olağanüstü şekilde aniden ortaya çıkış ve kompleks hayvanların birkaç milyon yıl boyunca hızlı bir şekilde çeşitlenmesi Kambriyen Patlaması olarak adlandırılır.

   Bazı verilerin yorumlanması bizleri, basit hayvan gruplarının 1 milyar yıl önce çeşitlenmeye başlamış olmaları düşüncesine sevk eder. Fakat evrimleşmelerinin ilk 400 ila 500 milyon yıl içinde herhangi bir tarihsel kayıt bırakmadıklarını görürüz. Büyük bir olasılıkla bu ilkin hayvanlar basitçe çok küçük ve fosilleşme için gerekli sert parçalardan yoksunlardı. Belki de daha büyük vücudun ve fosilleşme için orijinal fırsatlar yaratan sert geçirgen olmayan dış vücut örtüsünün evrimleşmesine izin veren, artan fotosentez aktivitesinden dolayı atmosferdeki oksijenin kritik yoğunluğa ulaşmasıdır ya da basitçe fosil oluşması için gerekli çevresel şartlar yaklaşık 600 milyon yıl önce henüz oluşmamıştır.

Hücre Sayısı, Embriyoloji ve Vücut Simetrisine Göre Sınıflandırma

   Omurgasızlar birçok yolla kategorize edilmektedir. En basit gruplama işlemlerinden biri bireylerin tek hücreden mi yoksa çok hücreden mi oluştuğuna dayanır.

Hücre Sayısı:

  • Protozoonlar (Tek hücreliler)
  • Metazoonlar (Çok hücreliler)
  • Acellular (Hücresizler)

   Hayvanlar aynı zamanda genel vücut biçimlerine göre de sınıflandırılabilirler. Metazoonların çoğu en azından yüzeysel olarak iki tip vücut simetrisinden birini gösterirler.

Vücut Biçimi:

  • Bilateral (Birbirinin yaklaşık olarak ayna görüntüsünü veren sağ ve sol kısımlar)
  • Radyal (Merkezden ve tek yönden geçen her kesit ile yaklaşık iki eşit parçaya bölünürler)

Nadir de olsa, morfolojilerinde herhangi bir sıralı düzen bulunmayan asimetrik hayvanlar da bulunur.
Vücut simetrisinin değişik tipleri.


Gelişim Yapısına Göre Sınıflandırma

   Çok hücreli omurgasızlar embriyogenez sırasında oluşan ayırt edilebilen germ tabakası sayısına göre iki gruba ayrılmışlardır. Germ tabakaları embriyonik gelişimin erken safhaları sırasında bir birim gibi davranan hücreler grubudur ve yetişkinde belirli bir şekilde farklı doku ve/veya organ sistemlerini meydana getirirler.

Gelişim Yapısı:

  • Diploblastik (Yalnızca ektoderm ve endoderm tabakalarından oluşurlar)
  • Triploblastik (Ektoderm ve endoderm tabakalarının arasında mezoderm bulunur)

   Diploblastik türlerde üçüncü doku tabakasının olmaması, mezoderm tabakasından kaynaklanan dokularının olmayacağı anlamına gelmez. Örneğin, triploblastik hayvanlarda kas grupları mezoderm kökenlidir fakat diploblastik yetişkinler de kas sistemine sahiptir.

Gelişim yapısına göre sınıflandırma

   Triploblastik hayvanlar daha sonra sindirim boşluğundan yani bağırsaktan ayrı içsel vücut boşluğuna sahip olup olmamalarına ve embriyogenez sırasında bu boşluğun nasıl oluştuğuna göre de ayrılırlar.

Triploblastikler:
  • Asölömat (Vücut duvarıyla bağırsak arasında boşluk yok, bu bölge parankima ile dolu)
  • Psödosölomat (Vücut duvarıyla bağırsak arasında boşluk var; periton ile sınırlandırılmamış)
  • Sölomat (Hiçbir iç organ sölom içinde serbest değil, peritonla sınırlandırılmış)
Triploblastik hayvanların sölom tipleri
Sölomun oluşma şekline göre:
  • Protostomlar (Sölom oluşumu mezodermdeki ayrılmanın aşamalı gelişmesiyle meydana gelir, şizosöl tip, birincil ağızlılar, spiral bölünme)
  • Döterostomlar (Sölom tipik olarak ilkel sindirim kanalının dışa kıvrılması ile embriyonik blastosöle dönüşmesi yolu ile olur, enterosöl tip, ikincil ağızlılar, radyal bölünme)
Şizosöl ve enterosöl yoluyla sölom oluşumları

Evrimsel İlişkilerine Göre Sınıflandırma

   Carolus Linnaeus tarafından yaklaşık 250 yıl önce yerleştirilen taksonomik çerçeve belki de en iyi bilinen sınıflandırma şemasıdır. Sistem hiyerarşiktir yani bir kategori daha az kapsamlı grupları içerir; bu da, daha da az kapsamlı grupları ve bu şekilde devam eder.

   Günümüzde 7 temel sistematik kategoriyi kullanıyoruz ancak bunların arasında başka kategoriler de olabilir. Bunlarla beraber kategorilerin sayısı 20 kadar olabilir. Bir canlının sınıflandırılması genel olarak aşağıdaki örnekteki gibidir.

  1. Regnum (Alem) : Animalia (Hayvanlar)
  2. Phylum (Şube) : Annelida (Halkalı solucanlar)
  3. Classis (Sınıf) : Clitellata (Klitellum taşıyanlar)
  4. Ordo (Takım) : Haplotaxida
  5. Familia (Familya) : Lumbricidae (Toprak solucanları)
  6. Genus (Cins) : Lumbricus
  7. Species (Tür) : Lumbricus rubellus (Kırmızı solucan)

Bir Clitellata örneği

   Sınıflandırmadaki alem, takım, tür gibi basamaklara kategori; bu kategorilere giren canlı gruplarına ise takson denir. Son yıllarda, özellikle moleküler biyoloji çalışmalarından elde edilen sonuçlardan yola çıkılarak alem üzerinde domain dediğimiz yeni bir kategori kullanılmaktadır.

The 3 domains of life

  Kırmızı solucan örneğinde olduğu gibi tüm canlı türleri iki kelimeden oluşan bir bilimsel isme sahiptir. Bu isimlendirmeye binominal nomenklatur denir. Üç kelimeden oluşan bilimsel isimler ise alt-türün varlığını gösterir.

   Hayvanların sınıflandırılmasında, yukarıda bahsettiğimiz vücut simetrisi, vücut boşluğu, embriyonik gelişim gibi sınıflandırma ölçütlerinin yanında daha birçok ölçüt kullanılır. Bunlardan bazıları metamerizm yani segmentleşme, vücut üyelerinin yapıları ve görevleri, iskelet özellikleri, üreme ve eşeysellik, başkalaşım, larva tipi ve özellikle son zamanlarda kullandığımız genetik yapıdır.

Omurgasızların genel sınıflandırılmasını gösteren bir kladogram örneği

Hayvanların genel sınıflandırılmasını gösteren bir kladogram örneği



 Kaynakça: Pechenik J.A. (2015). Biology of the Invertebrates. (7th Edition)                     
Mısıroğlu M. (2015). Omurgasız Hayvanlar Laboratuvar Kılavuzu. (2. Basım) Ankara: Nobel Akademik Yayıncılık.
Sözen M., Kandemir İ. ve Hasbenli A.  (2013). Omurgasızlar Biyolojisi. (6. Basımdan Çeviri) Ankara: Nobel Akademik Yayıncılık.

Mar 7, 2016

Nasıl Çeviri Yapmalıyım? Çeviri Yaparken Nelere Dikkat Etmeliyim?

İngilizce-Türkçe çeviri yaparken uygulamanızın size artı puan katacağı ilkeler bu başlık altında toplandı!


Herkese merhaba! 

   Hepimiz, özellikle de üniversiteye atıldıktan sonra, yabancı dilin ne kadar gerekli ve önemli olduğunu bir kez daha farkına varıyoruz. Günümüzde, meslek hayatımızda iyi bir yerlere gelmek istiyorsak, bu konunun ciddiyetini yadsıyamayız. Bununla ilgili çok fazla şey söylenebilir ancak başlıktan sapmadan asıl noktaya gelelim. Çeviri sanatı. 

   Henüz bu konuda yeterince bilgiye sahip olmadığım, kendimi eksik hissettiğim zamanlarda araştırdığımı hatırlıyorum; "Çeviri yaparken nelere dikkat edilmeli?" Sonra aklıma bir fikir geldi ve çeviri hakkında önemli bulduğum noktaları maddeler halinde sıralamanın yararlı olacağını düşündüm. Ve işte, bu yazımda da sizlere çeviri yaparken dikkat etmenizin size kolaylık kazandıracağı o maddelere değineceğim.



  • Metnin tamamını okumadan çeviriye başlamayın!

   Evet, ilk dikkat etmemiz gereken nokta bu. Sakın ama sakın "İlk cümleden başlayayım, nasılsa çevirirken okumuş olurum." gibi bir fikre kapılmayın. Bu fikir hatalara sebep olacaktır. Öncelikle metni okumalı, içeriğini, dilini ve hangi zaman diliminde gerçekleştiğini anlamanız gerekir. 
   
   Metni doğru 'timeline' a oturtmak çok önemlidir çünkü İngilizce net bir dildir ve İngilizce'deki bazı tense'leri tam olarak karşılayan bir Türkçe zaman kipi olmayabilir. (The Present Perfect Tense, The Future Perfect Tense gibi...)  Bu hususta çevirinizin doğru olması için cümlenin tam olarak hangi zaman dilimini kapsadığını anlamak çok önemlidir.

   Metnin dilini ve içeriğini anlamanın önemi ise bir kelimeyi hangi Türkçe karşılığa çevireceğimizi bilmekten geçer. Bir örnek verecek olursak; light kelimesi kullanıldığı yere göre aydınlık, ışık, açık (renk), lamba ve daha birçok anlama gelebilmektedir. Bunun gibi pek çok kelime örneği verebiliriz.



  • Cümlenin ögelerini doğru tespit edin!

   Bir İngilizce cümlede, genellikle ilk gördüğümüz fiile kadarki kısım bizim öznemizdir. Haliyle özneden hemen sonra fiili görürüz ve ardından diğer ögeler gelir. Çok uzun ve gözümüzü korkutan cümleleri çevirmek aslında bu kadar kolaydır. "ÖZNE - YÜKLEM - DİĞER ÖGELER"

   Bir cümlede yüklem tense'i taşır ve yardımcı fiilden sonra gelir, bu da unutulmaması gereken bir noktadır.


  • Türkçe düşünmeyin, İngilizce düşünün!
   Hepimizin bu zamana kadar muhakkak duyduğu o klişe söze geldi sıra. İngilizce düşünün. Neden bunu söylediler bize hep? Çünkü bu önemli bir detay. Bire bir çeviri yapmak doğru bir davranış değildir. Bir İngilizce cümlede gördüğümüz her kelimeyi Türkçe'ye yansıtamayız, bazen eksik bazen de fazla olur. Önemli olan "Ben olsam bunu nasıl söylerdim?" diyebilmektir. İşte, İngilizce düşünmek bu anlama gelir.

   Bu noktada size en çok yardımcı olacak şeyler; İngilizce - İngilizce bir sözlük, eş ve zıt anlamlılar sözlüğü -yani thesaurus- , deyim ve atasözlerini görebileceğiniz bir kaynak ve doğru kelimeyi seçebileceğiniz bir kaynak daha. 


  • Bağlaçlara dikkat!
   İngilizce çok çeşitli bağlaçlara sahip bir dildir ve genellikle bu sebepten ötürü özellikle bilimsel metinlerde cümleler oldukça uzun olur ve gözümüzü korkuturlar. Bu konuda endişelenmeyin, çünkü çeviri yapmaya ve bağlaçları tanımaya başladıkça hangi kelimenin-kelime öbeğinin nereye konulacağına daha hızlı karar vermeye başlıyorsunuz. Kısacası bağlaçları öğrenmeye çalışın, hatta gördüğünüz her bağlacı kenara not edin ve ezberlemeyi deneyin.


  • Ara sözler ve noktalama işaretleri gözden kaçmasın!
   Doğru bir çeviri yapmak için ara sözleri iyi tespit etmek gerekir. Bu ara sözler genelde özneyi tanımlayan söz öbekleri olabilir. Bunları doğru yere yerleştirmek ve doğru okuma sağlamak için noktalama işaretlerini gerektiği yerde kullanmak çok önemlidir.


  • Zihninizi yormayın, moralinizi bozmayın!
   Metin çevirisi yapmak çok da kolay değildir. Sadece dili bilmek yetmez. Aynı zamanda yorumunuzu ve tecrübenizi katmanız gereken bir iştir. Bu nedenle, bilmediğiniz kelimelerle karşılaştığınızda, işin içinden çıkamayıp aynı cümleye dakikalarca baktığınızda ve yorgun hissettiğinizde canınızı sıkmayın. Kısa bir süre başka bir işle meşgul olmayı deneyin ve ne yaptıysanız yine olmadıysa çevrenizdekilerden yardım istemekten çekinmeyin.


  • Özel isimlere dikkat edin!
   Özellikle bilimsel bir makale çevirisi sırasında, dergi, gazete, üniversite adı gibi birçok özel isime rastlarız. Bu özel isimleri Türkçe'ye çevirip direkt olarak yazmaya çalışmamalısınız. Dilerseniz, örneğin bir derginin isminin Türkçe'sini parantez içinde belirtebilirsiniz. Bu şekilde bir çeviri daha doğru olur.


  • Kontrol önemlidir!
   Çevirinizi bitirdikten sonra mutlaka iki-üç defa okuyun. Gözünüzden kaçan noktaları veya metnin akışına uymayan kısımları böylelikle fark edebilirsiniz. Bu husus zaten sadece çevirilerde değil; yazdığınız her yazıda işinize yarayacaktır. Ayrıca imla denetimini açarak yazım hatasını sıfıra indirgemeniz de daha çok ciddiye alınmanıza katkı sağlayacaktır.


   Bunlar benim kendimce dikkat ettiğim ve paylaşma gereği duyduğum bilgilerdi, eğer sizin de bu konuda fikirleriniz varsa yorumlarınızı bırakarak bilgi akışına katkı sağlayabilirsiniz. Teşekkür ederim, başarılar dilerim!